Compétition iGEM : quand le soutien à la recherche favorise la réussite étudiante

L’iGEM (International Genetically Engineered Machine competition) est une compétition d’innovations en biotechnologie de très grande ampleur initialement créée par le Massachusetts Institute of Technology (MIT) en 2004. C’est la plus grande compétition étudiante de biologie au monde. Organisée chaque année, elle a rassemblé en 2022 370 équipes d’étudiants de plus de 40 pays différents. Chaque équipe devait proposer une innovation en biotechnologie développée et réalisée lors de l’année précédant la compétition. Lors de la grande finale 2022 qui s'est déroulée cette année du 26 au 28 octobre, au parc des expositions de Paris (Porte de Versailles), l'équipe FIAT LUX, composée d'étudiantes et étudiants de Lyon 1 et INSA Lyon, a rencontré un franc succès.

Le projet de l'équipe INSA Lyon-Université Lyon 1 répond à l’un des grands enjeux de l’agriculture durable : la sécurité alimentaire. Avec les changements climatiques en cours, c’est « une nouvelle ère qui commence » avancent l’équipe, avec, entre autres, l’émergence de nouveaux pathogènes pour les plantes. C’est dans ce contexte que l’équipe a développé FIAT LUX, un nouvel outil de détection en temps réel de bactéries pathogènes de plantes. L’idée : rendre les bactéries luminescentes afin de pouvoir visualiser directement leur développement dans les plantes à l’aide d’une simple caméra.

Pendant un an, les étudiantes et étudiants ont mis au point l'outil génétique capable de rendre des bactéries luminescentes et ainsi infecter des plantes pour étudier la pathogénie. Leurs travaux ont été soutenus par des enseignants-chercheurs et doctorants du Laboratoire Microbiologie Adaptation Pathogénie (MAP - Université Lyon 1/INSA Lyon). Ajouté à cela, l'équipe FIAT LUX a mis au point un prototype d'incubation et d'acquisition d'images, ainsi qu'un logiciel d'analyse d'images open source.

C'est donc une solution globale, clé en mains, pour l'analyse de la propagation des bactéries pathogènes qu’ont proposé les étudiants. De plus, l’équipe a construit un site Web d’information qui a été un élément clé dans l’évaluation du projet lors du concours iGEM.

Par ailleurs, le succès du projet est en partie dû à l’utilisation d’un équipement de la fédération de recherche BioEEnVis, un imageur de plantes appelé Nightshade, financé entièrement par l’Université Lyon 1 via un appel à projet « EQUIPEMENT DE RECHERCHE » en 2020. Il n’en existe que trois exemplaires en France. Le projet de l'équipe FIAT LUX a par ailleurs reçu un soutien financier de la CVEC de l'Université Lyon 1.

Cette réussite étudiante, qui propose une solution concrète à un enjeu sociétal, illustre tout l’attrait de la formation par la recherche, et qui s’étend bien au-delà du travail en laboratoire.

« L’avantage de participer à ce concours est aussi un enrichissement personnel qui dépasse toute récompense : le partage de la Science avec des enfants de tout âge via des interventions dans des centres aérés, des collèges, ainsi qu’auprès de nos camarades, mais aussi la richesse des rencontres et échanges avec les réelles cibles des pathogènes des plantes : les agriculteurs. Enfin, nous avons pu, lors du concours, être en contact avec des équipes du monde entier aux projets ambitieux, novateurs et à la pointe des technologies du vivant », témoigne Cassie Kohut, étudiante en Master 2 Bioproduction et contrôles microbiologiques (IPIL) à Lyon 1 et membre de l'équipe FIAT LUX.

Après la compétition, le projet va se poursuivre et donner lieu à des publications scientifiques, ajoute Erwan Gueguen, Maître de conférences à Lyon (Laboratoire MAP) et encadrant du projet FIAT LUX.
 

FIAT LUX est l'équipe aynat été la plus récompensée de la compétition. :

• 2e place générale du concours dans la catégorie undergraduate parmi +190 équipes du monde entier, et sélectionnés parmi les 7 meilleures équipes sur 370.
• Élue meilleur projet dans le domaine de la nutrition et de l’alimentation parmi 28 équipes.
• 5 prix spéciaux parmi un total de 16 prix : meilleure présentation lors de la Finale, meilleur wiki (site internet), meilleur hardware (le prpototype d’incubation et d’acquisition d’images), meilleur assemblage d’ADN, meilleure vulgarisation et éducation.
• 4 nominations pour les prix suivants : meilleure éthique intégrée au projet, meilleur software (logiciel d’analyse d’images), meilleure collection de pièces d’ADN et meilleur projet en développement durable.
   

Les membres de l’équipe :

Étudiants :
INSA Lyon : Anaëlle Roman, Basma Makhloufi, Elise Piette, Guillaume Fulconis, Laia Darne Clavaron, Léa Le Large, Madeleine Bourseul, Manon Aubert, Marianne Richaud, Marine Aurrand, Mathilde Cecchi, Solène Favier, Théo Mathieu, Tom Roblin.
Université Lyon 1 : Cassie Kohut.

Encadrants : Agnès Rodrigue (Maître de conférences INSA Lyon, laboratoire MAP) et Erwan Gueguen (Maître de conférences Université Lyon 1, laboratoire MAP)

Superviseurs : Typhaine Brual (Doctorante INSA Lyon, laboratoire MAP), Marianne Chouteau (Enseignante-Chercheuse INSA Lyon, Directrice adjointe du laboratoire S2HEP), Marie-Pierre Escudié, Marion Létisse (Maître de conférences INSA Lyon), Makram Mghezzi-Habellah (Doctorant ENS Lyon - Laboratoire LBMC).
 

Contacts

Erwan Gueguen, Maître de conférences à l'Université Claude Bernard Lyon 1 et membre du Laboratoire MAP
erwan.gueguen@univ-lyon1.fr